Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
DKK3Q9UBP4 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms