Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL9A3Q14050 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
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