Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL4A3Q01955 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms