Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC13.4□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CCDC140Q96MF4 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms