Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms