Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
USP53Q70EK8 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms