Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM28Q13263 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.7 ms