Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
CCDC9Q9Y3X0 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.82■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC32.78■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC32.71■■■□□ 2.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms