Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN3AQ9NY46 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN3AQ9NY46 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms