Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms