Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SCN9AQ15858 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.67■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SCN9AQ15858 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
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