Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CLN3Q13286 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CLN3Q13286 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms