Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSX1P28360 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSX1P28360 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSX1P28360 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSX1P28360 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSX1P28360 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSX1P28360 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSX1P28360 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSX1P28360 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSX1P28360 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSX1P28360 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSX1P28360 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSX1P28360 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSX1P28360 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSX1P28360 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX1P28360 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX1P28360 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX1P28360 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX1P28360 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX1P28360 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX1P28360 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX1P28360 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX1P28360 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX1P28360 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX1P28360 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX1P28360 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX1P28360 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX1P28360 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX1P28360 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX1P28360 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX1P28360 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX1P28360 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX1P28360 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX1P28360 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX1P28360 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 226.4 ms