Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
COL8A1P27658 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL8A1P27658 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL8A1P27658 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL8A1P27658 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 208.3 ms