Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BDNFP23560 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BDNFP23560 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BDNFP23560 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BDNFP23560 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BDNFP23560 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BDNFP23560 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BDNFP23560 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BDNFP23560 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BDNFP23560 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
BDNFP23560 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
BDNFP23560 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
BDNFP23560 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BDNFP23560 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BDNFP23560 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
BDNFP23560 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
BDNFP23560 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
BDNFP23560 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
BDNFP23560 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
BDNFP23560 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
BDNFP23560 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
BDNFP23560 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
BDNFP23560 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BDNFP23560 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BDNFP23560 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BDNFP23560 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BDNFP23560 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BDNFP23560 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BDNFP23560 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BDNFP23560 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BDNFP23560 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BDNFP23560 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BDNFP23560 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BDNFP23560 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BDNFP23560 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BDNFP23560 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
BDNFP23560 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
BDNFP23560 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BDNFP23560 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BDNFP23560 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
BDNFP23560 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BDNFP23560 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
BDNFP23560 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms