Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.16■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC43.16■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.16■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.16■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC43.15■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.15■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.14■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.14■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC43.14■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.14■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.14■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC43.13■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.13■■■■■ 4.5
CCDC88BA6NC98 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.13■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC43.13■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC43.12■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.12■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC43.12■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC43.12■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC43.11■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC43.11■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC43.11■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC43.1■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC43.08■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.08■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC43.08■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC43.07■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.07■■■■■ 4.49
CCDC88BA6NC98 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC43.06■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC43.06■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.06■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.06■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.06■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.06■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.05■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.05■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC43.05■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC43.03■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.03■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.02■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC43.01■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC43.01■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.01■■■■■ 4.48
CCDC88BA6NC98 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC43■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC43■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC43■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC42.99■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC42.99■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.99■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.99■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC42.99■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.98■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC42.98■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.98■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC42.98■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC42.98■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC42.97■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC42.97■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC42.95■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.95■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.95■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.94■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC42.94■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC42.94■■■■■ 4.47
CCDC88BA6NC98 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.94■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC42.94■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC42.94■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC42.94■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.92■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC42.92■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC42.92■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.91■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC42.91■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC42.91■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC42.91■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC42.9■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.89■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.89■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.89■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.89■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC42.89■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC42.88■■■■■ 4.46
CCDC88BA6NC98 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms