Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms