Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A6A6NMZ7 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms