Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX3Q9UBR4 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX3Q9UBR4 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms