Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS28Q9UK41 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.8 ms