Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
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