Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIG1P18858 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIG1P18858 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIG1P18858 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms