Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms