Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
USP3Q9Y6I4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP3Q9Y6I4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms