Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.65■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
UPF3AQ9H1J1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.57■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.54■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
UPF3AQ9H1J1 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
UPF3AQ9H1J1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.3 ms