Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN9AQ15858 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN9AQ15858 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
SCN9AQ15858 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
SCN9AQ15858 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC29.85■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SCN9AQ15858 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SCN9AQ15858 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms