Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SHHQ15465 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SHHQ15465 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SHHQ15465 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SHHQ15465 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SHHQ15465 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SHHQ15465 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SHHQ15465 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SHHQ15465 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SHHQ15465 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SHHQ15465 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
SHHQ15465 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SHHQ15465 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SHHQ15465 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SHHQ15465 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SHHQ15465 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
SHHQ15465 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SHHQ15465 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SHHQ15465 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SHHQ15465 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SHHQ15465 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SHHQ15465 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SHHQ15465 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SHHQ15465 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SHHQ15465 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SHHQ15465 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SHHQ15465 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SHHQ15465 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SHHQ15465 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SHHQ15465 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SHHQ15465 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SHHQ15465 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
SHHQ15465 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SHHQ15465 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SHHQ15465 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SHHQ15465 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
SHHQ15465 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
SHHQ15465 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SHHQ15465 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SHHQ15465 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SHHQ15465 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SHHQ15465 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SHHQ15465 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SHHQ15465 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SHHQ15465 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHHQ15465 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHHQ15465 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHHQ15465 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHHQ15465 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHHQ15465 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHHQ15465 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHHQ15465 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHHQ15465 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHHQ15465 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHHQ15465 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHHQ15465 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHHQ15465 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHHQ15465 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHHQ15465 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHHQ15465 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHHQ15465 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
SHHQ15465 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHHQ15465 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHHQ15465 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SHHQ15465 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
SHHQ15465 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms