Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
TCOF1Q13428 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
TCOF1Q13428 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC37.58■■■■□ 3.61
TCOF1Q13428 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.57■■■■□ 3.61
TCOF1Q13428 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC37.57■■■■□ 3.61
TCOF1Q13428 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC37.57■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC37.55■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC37.53■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.52■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC37.52■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.52■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC37.51■■■■□ 3.6
TCOF1Q13428 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC37.51■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC37.49■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC37.47■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC37.47■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
TCOF1Q13428 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC37.44■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC37.4■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.39■■■■□ 3.58
TCOF1Q13428 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC37.38■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC37.38■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.37■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.37■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.35■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC37.35■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC37.33■■■■□ 3.57
TCOF1Q13428 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
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