Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMS1P48059 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS1P48059 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS1P48059 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms