Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX1P28360 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX1P28360 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX1P28360 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX1P28360 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX1P28360 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX1P28360 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX1P28360 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX1P28360 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX1P28360 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX1P28360 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX1P28360 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX1P28360 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX1P28360 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
MSX1P28360 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX1P28360 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX1P28360 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX1P28360 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX1P28360 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX1P28360 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX1P28360 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX1P28360 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX1P28360 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX1P28360 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX1P28360 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX1P28360 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX1P28360 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX1P28360 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX1P28360 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX1P28360 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX1P28360 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSX1P28360 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSX1P28360 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSX1P28360 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSX1P28360 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSX1P28360 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSX1P28360 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSX1P28360 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSX1P28360 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSX1P28360 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms