Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL6A1P12109 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL6A1P12109 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL6A1P12109 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL6A1P12109 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL6A1P12109 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL6A1P12109 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A1P12109 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A1P12109 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL6A1P12109 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL6A1P12109 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL6A1P12109 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL6A1P12109 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
COL6A1P12109 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A1P12109 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A1P12109 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A1P12109 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A1P12109 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.53■■■□□ 2
COL6A1P12109 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL6A1P12109 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A1P12109 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A1P12109 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL6A1P12109 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
COL6A1P12109 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL6A1P12109 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms