Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CHD3Q12873 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
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