Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 C1orf61-205ENST00000400991 473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)3.65□□□□□ -1.832e-6■■■■■ 129.1
SF3B1O75533 SBF2-214ENST00000533770 4829 ntTSL 1 (best)3.08□□□□□ -1.922e-6■■■■■ 129.1
SF3B1O75533 CLASRP-207ENST00000587112 867 ntTSL 1 (best)13.76□□□□□ -0.216e-6■■■■■ 129
SF3B1O75533 FANCB-201ENST00000324138 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.96□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 129
SF3B1O75533 FANCB-202ENST00000398334 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.88□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 129
SF3B1O75533 FANCB-203ENST00000452869 2712 ntTSL 1 (best)7□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 129
SF3B1O75533 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 129
SF3B1O75533 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.262e-6■■■■■ 129
SF3B1O75533 RAP1GAP-210ENST00000482984 331 ntTSL 55.81□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 128.8
SF3B1O75533 SCMH1-215ENST00000488592 363 ntTSL 213.87□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 128.8
SF3B1O75533 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.936e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.846e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 CRELD2-206ENST00000450207 963 ntTSL 520.04■□□□□ 0.86e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.86e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 CRELD2-209ENST00000483652 1994 ntTSL 1 (best)19.92■□□□□ 0.786e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 CRELD2-208ENST00000482956 855 ntTSL 1 (best)19.79■□□□□ 0.766e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.726e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.266e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 NFIX-212ENST00000590027 579 ntTSL 216.51■□□□□ 0.236e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 SRC-211ENST00000497734 446 ntTSL 1 (best)13.77□□□□□ -0.216e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 SRC-204ENST00000373578 4630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.36e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 TAZ-210ENST00000483780 388 ntTSL 511.71□□□□□ -0.536e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 SLC31A1-201ENST00000374212 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.036e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 PCCA-212ENST00000636420 1418 ntTSL 58.19□□□□□ -1.16e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 ARHGAP21-201ENST00000320481 4343 ntTSL 5 BASIC7.09□□□□□ -1.272e-6■■■■■ 128.7
SF3B1O75533 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.313e-6■■■■■ 128.6
SF3B1O75533 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.033e-6■■■■■ 128.6
SF3B1O75533 UBQLN1-206ENST00000533705 6055 ntTSL 1 (best)6.55□□□□□ -1.363e-6■■■■■ 128.6
SF3B1O75533 AC016912.1-201ENST00000432241 545 ntTSL 3 BASIC4.5□□□□□ -1.694e-6■■■■■ 128.6
SF3B1O75533 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.542e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 HIPK2-202ENST00000406875 15049 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.7□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.111e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.612e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 RGCC-202ENST00000487837 243 ntTSL 315.8■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 128.5
SF3B1O75533 NCOA2-201ENST00000452400 8447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.01□□□□□ -1.294e-6■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 NCOA2-202ENST00000518287 6087 ntTSL 56.81□□□□□ -1.324e-6■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 PTPRA-202ENST00000318266 3219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.99□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 PTPRA-204ENST00000380393 3636 ntTSL 1 (best) BASIC9.59□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 LRRFIP2-204ENST00000416425 961 ntTSL 314.44□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 128.4
SF3B1O75533 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.475e-6■■■■■ 128.3
SF3B1O75533 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.263e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.943e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-219ENST00000511896 2032 ntTSL 219.78■□□□□ 0.763e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-214ENST00000509914 2020 ntTSL 1 (best)16.82■□□□□ 0.283e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-215ENST00000510241 2801 ntTSL 216.49■□□□□ 0.233e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-206ENST00000467078 1920 ntTSL 1 (best)16.44■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.013e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.033e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 APBB3-202ENST00000356738 1804 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.073e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.583e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.433e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.243e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.243e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.113e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 AL512356.1-201ENST00000548203 535 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.198e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.168e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.098e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.018e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.88e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.758e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.718e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.718e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.628e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.428e-8■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 PSPC1-204ENST00000492741 1709 ntTSL 223.47■■□□□ 1.352e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 PSPC1-203ENST00000471658 1647 ntTSL 1 (best)20.49■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 128.2
SF3B1O75533 ELL-204ENST00000596915 623 ntTSL 317.49■□□□□ 0.395e-7■■■■■ 128.1
SF3B1O75533 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 128.1
SF3B1O75533 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 128.1
SF3B1O75533 GTF2IRD1-202ENST00000424337 3077 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 128.1
SF3B1O75533 GALC-214ENST00000557316 1874 ntTSL 524.51■■□□□ 1.515e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 ACO2-204ENST00000471094 699 ntTSL 324.45■■□□□ 1.55e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 GALC-216ENST00000622264 1221 ntTSL 1 (best)23.9■■□□□ 1.425e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 GALC-204ENST00000474294 1263 ntTSL 1 (best)23.16■■□□□ 1.35e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.255e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 GALC-206ENST00000544807 2528 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 NKAPP1-204ENST00000555168 557 ntTSL 4 BASIC14.17□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 GALC-201ENST00000261304 3883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.235e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 ACO2-201ENST00000216254 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 ACO2-202ENST00000396512 2811 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.335e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 GALC-203ENST00000393569 2547 ntTSL 2 BASIC9.61□□□□□ -0.875e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 PUM3-204ENST00000490444 340 ntTSL 52.37□□□□□ -2.033e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.73e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.753e-6■■■■■ 128
SF3B1O75533 ESRRA-206ENST00000539594 747 ntTSL 330.6■■■□□ 2.499e-8■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.959e-8■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.559e-8■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.779e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.779e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.779e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.279e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.089e-7■■■■■ 127.8
SF3B1O75533 DLGAP4-211ENST00000482037 603 ntTSL 514.47□□□□□ -0.099e-7■■■■■ 127.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1488.1 ms