Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CPSF3Q9UKF6 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CPSF3Q9UKF6 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CPSF3Q9UKF6 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.83■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CPSF3Q9UKF6 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms