Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS28Q9UK41 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS28Q9UK41 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS28Q9UK41 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms