Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SMARCAL1Q9NZC9 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCAL1Q9NZC9 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCAL1Q9NZC9 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms