Protein–RNA interactions for Protein: Q59EK9

RUNDC3A, RUN domain-containing protein 3A, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RUNDC3AQ59EK9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RUNDC3AQ59EK9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RUNDC3AQ59EK9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
RUNDC3AQ59EK9 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
RUNDC3AQ59EK9 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms