Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CLN3Q13286 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLN3Q13286 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLN3Q13286 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
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