Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
COL7A1Q02388 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL7A1Q02388 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 153.3 ms