Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG1P18858 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG1P18858 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG1P18858 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG1P18858 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG1P18858 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG1P18858 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG1P18858 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG1P18858 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG1P18858 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG1P18858 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG1P18858 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG1P18858 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG1P18858 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG1P18858 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG1P18858 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG1P18858 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG1P18858 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG1P18858 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG1P18858 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG1P18858 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIG1P18858 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG1P18858 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG1P18858 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG1P18858 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG1P18858 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG1P18858 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG1P18858 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIG1P18858 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIG1P18858 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
LIG1P18858 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG1P18858 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG1P18858 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG1P18858 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG1P18858 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG1P18858 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG1P18858 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG1P18858 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG1P18858 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG1P18858 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG1P18858 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG1P18858 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG1P18858 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG1P18858 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG1P18858 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG1P18858 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG1P18858 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG1P18858 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG1P18858 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG1P18858 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG1P18858 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG1P18858 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG1P18858 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG1P18858 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG1P18858 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG1P18858 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG1P18858 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG1P18858 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG1P18858 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIG1P18858 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIG1P18858 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIG1P18858 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG1P18858 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG1P18858 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG1P18858 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG1P18858 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG1P18858 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG1P18858 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG1P18858 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIG1P18858 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIG1P18858 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG1P18858 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG1P18858 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG1P18858 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG1P18858 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG1P18858 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG1P18858 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG1P18858 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG1P18858 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms