Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
USP4Q13107 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
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USP4Q13107 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
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USP4Q13107 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
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