Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms