Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS28Q9UK41 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS28Q9UK41 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS28Q9UK41 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS28Q9UK41 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
VPS28Q9UK41 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms