Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
KLHL28Q9NXS3 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms