Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.9 ms