Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC9Q9Y3X0 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC9Q9Y3X0 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC9Q9Y3X0 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC9Q9Y3X0 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.4 ms