Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS29Q9UBQ0 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS29Q9UBQ0 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.2 ms