Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms