Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
VAMP4O75379 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VAMP4O75379 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms