Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SF3A1Q15459 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
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